Bioinformatics laboratory

Niigata University Graduate School of Medical and Dental Sciences

About Us

Bioinformatics laboratory focuses on the following topics.


Functional genomics/metagenomics



  • Human gut microbiomes

  • Comparative metagenomics

  • Evolution of phosphorylation

  • Cancer genomics


Database construction



  • HEMM: Human - Earth Microbes and Microbiomes

  • ODB: Operon DataBase

  • GlycoEpitope

  • jPOST: Japan ProteOme STandard repository/database.

Recent Publications

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Poster

吉川伸哉、細川真実、上井進也、奥田修二郎、笠原賢洋、高橋文雄、「褐藻アカモクの生殖器官形成に関わる分子機構の解明」、日本植物学会第80回大会、沖縄(2016/9/16)

Poster

渡部雄一郎、江川純、保谷智史、布川綾子、澁谷雅子、池田匡志、井上絵美子、奥田修二郎、近藤健治、齊藤竹生、金子尚史、村竹辰之、井桁裕文、岩田仲生、染矢俊幸、「UNC13B遺伝子の稀な変異と統合失調症の発症リスク」、第38回日本生物学的精神医学会・第59回日本神経化学会大会、福岡、(2016/9/8)

Paper

Saito, T., Waguri, S., Ohishi, M., Endo, K., Uemura, T., Taguchi, K., Hirose, Y., Nagahashi, N., Nishito, Y., Okuda, S., Fujimura, T., Lee, M-S., Ueno, T., Wakai, T., Motohashi, H., Yamamoto, M., Tanaka, K., Soga, T. and Komatsu, M. p62/Sqstm1 promotes malignancy of HCV-positive hepatocellular carcinoma through Nrf2-dependent metabolic reprogramming. Nat. Commun. 7:12030 (2016). doi: 10.1038/ncomms12030  PubMed  Nature Communications

Paper

Vieira-Silva, S., Falony, G., Lima-Mendez, G., Darzi, Y., Yunta, R., G., Okuda, S., Vandeputte, D., Hildebrand, F., Chaffron, S., and Raes, J. Species-function relationships shape ecological properties of the human gut microbiome. Nat. Microbiol. 1:16088 (2016). doi:10.1038/nmicrobiol.2016.88 Nature Microbiology

Poster

Okuda, S., Ling, L., and Yoshizaki, H. Proteome-wide human phosphomotif analysis. ISMB2016, Florida (2016/7)

Talk

五斗進、奥田修二郎、渡辺由、守屋勇樹、河野信、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、杉山直幸、石濱泰、「プロテオーム統合データベースjPOSTの開発」、日本プロテオーム学会2016年大会、東京、(2016/7/29)

Poster

吉沢明康、田畑剛、守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、杉山直幸、五斗進、石濱泰、「プロテオーム統合データベースjPOST:再解析プロトコルの開発」、日本プロテオーム学会2016年大会、東京、(2016/7/28)

Poster

凌一葦,吉崎尚良、奥田修二郎、「プロテオームワイドなヒトリン酸化モチーフ解析」、第57回新潟生化学懇話会、新潟、(2016/6/25)

Poster

吉沢明康、田畑剛、守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、杉山直幸、五斗進、石濱泰、「質量スペクトルはデータベース検索“グレーゾーン”を明瞭化するか」、第64回質量分析総合討論会、大阪、(2016/5/18)

Poster

佃直紀、山本希、東光一、入江満、五斗進、奥田修二郎、守屋勇樹、森宙史、黒川顕、山田拓司、「ヒト腸内細菌の代謝反応データベース構築」、第10回日本ゲノム微生物学会年会、東京、(2016/3/4)