Bioinformatics laboratory

Niigata University Graduate School of Medical and Dental Sciences

About Us

Bioinformatics laboratory focuses on the following topics.


Functional genomics/metagenomics



  • Human gut microbiomes

  • Comparative metagenomics

  • Evolution of phosphorylation

  • Cancer genomics


Database construction



  • HEMM: Human - Earth Microbes and Microbiomes

  • ODB: Operon DataBase

  • GlycoEpitope

  • jPOST: Japan ProteOme STandard repository/database.

Recent Publications

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Paper

Saito, T., Waguri, S., Ohishi, M., Endo, K., Uemura, T., Taguchi, K., Hirose, Y., Nagahashi, N., Nishito, Y., Okuda, S., Fujimura, T., Lee, M-S., Ueno, T., Wakai, T., Motohashi, H., Yamamoto, M., Tanaka, K., Soga, T. and Komatsu, M. p62/Sqstm1 promotes malignancy of HCV-positive hepatocellular carcinoma through Nrf2-dependent metabolic reprogramming. Nat. Commun. 7:12030 (2016). doi: 10.1038/ncomms12030  PubMed  Nature Communications

Paper

Vieira-Silva, S., Falony, G., Lima-Mendez, G., Darzi, Y., Yunta, R., G., Okuda, S., Vandeputte, D., Hildebrand, F., Chaffron, S., and Raes, J. Species-function relationships shape ecological properties of the human gut microbiome. Nat. Microbiol. 1:16088 (2016). doi:10.1038/nmicrobiol.2016.88 Nature Microbiology

Poster

Okuda, S., Ling, L., and Yoshizaki, H. Proteome-wide human phosphomotif analysis. ISMB2016, Florida (2016/7)

Talk

五斗進、奥田修二郎、渡辺由、守屋勇樹、河野信、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、杉山直幸、石濱泰、「プロテオーム統合データベースjPOSTの開発」、日本プロテオーム学会2016年大会、東京、(2016/7/29)

Poster

吉沢明康、田畑剛、守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、杉山直幸、五斗進、石濱泰、「プロテオーム統合データベースjPOST:再解析プロトコルの開発」、日本プロテオーム学会2016年大会、東京、(2016/7/28)

Poster

凌一葦,吉崎尚良、奥田修二郎、「プロテオームワイドなヒトリン酸化モチーフ解析」、第57回新潟生化学懇話会、新潟、(2016/6/25)

Poster

吉沢明康、田畑剛、守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、杉山直幸、五斗進、石濱泰、「質量スペクトルはデータベース検索“グレーゾーン”を明瞭化するか」、第64回質量分析総合討論会、大阪、(2016/5/18)

Poster

佃直紀、山本希、東光一、入江満、五斗進、奥田修二郎、守屋勇樹、森宙史、黒川顕、山田拓司、「ヒト腸内細菌の代謝反応データベース構築」、第10回日本ゲノム微生物学会年会、東京、(2016/3/4)

Paper

Aoki-Kinoshita, K., Agravat, S., Aoki, N. P., Arpinar, S., Cummings, R.D., Fujita, A., Fujita, N., Hart G.M., Haslam, S. M., Kawasaki, T., Matsubara, M., Moreman, K. W., Okuda, S., Pierce,M., Ranzinger, R., Shikanai, T., Shinmachi, D., Solovieva, E., Suzuki, Y., Tsuchiya, S., Yamada, I., York, W. S., Zaia, J., and Narimatsu, H. GlyTouCan 1.0–The international glycan structure repository. Nucleic Acids Res. 44:D1237-D1242 (2016). PubMed Nucleic Acids Research

 

Paper

Moriya, Y., Yamada, T., Okuda, S., Nakagawa, Z., Kotera, M., Tokimatsu, T., Kanehisa, M., and Goto, S.  Identification of Enzyme Genes Using Chemical Structure Alignments of Substrate-Product Pairs.  J. Chem. Inf. Model. 56(3):510-516 (2016) PubMed Journal of Chemical Information and Modeling